Ghi nhận những công lao, thành tích to lớn đó, Binh chủng đã được Đảng, Nhà nước, Quân đội tặng nhiều phần thưởng cao quý:

TRONG THỜI KỲ KHÁNG CHIẾN CHỐNG MỸ, CỨU NƯỚC (1958-1975)

- Binh chủng được tặng thưởng: Danh hiệu “Đơn vị Anh hùng LLVT nhân dân” (2010); Huân chương Hồ Chí Minh (1979); Huân chương Quân công hạng Nhất (1978), hạng Ba (1973)

- 02 đơn vị được tặng Danh hiệu “Đơn vị Anh hùng LLVT nhân dân”: Tiểu đoàn 901 (1975), Kho K61 (2006)

- Đồng chí Hoàng Văn Vẻ được tặng Danh hiệu “Anh hùng LLVT nhân dân” (1973)

- 56 lượt tập thể và 139 lượt cán bộ, chiến sỹ được tặng thưởng danh hiệu Dũng sỹ, Huân chương chiến công các hạng.

TRONG THỜI KỲ ĐỔI MỚI ĐẤT NƯỚC (1986-2015)

- Binh chủng được tặng thưởng: Huân chương Hồ Chí Minh (2008); Huân chương Độc lập hạng Nhất (2003), hạng Ba (2013); Huân chương Quân công hạng Ba (1998).

- 3 Đơn vị được tặng Danh hiệu “ Đơn vị Anh hùng LLVT nhân dân” thời kỳ đổi mới: Lữ đoàn 86 (2002), Kho K63 (2012), Trung tâm Công nghệ xử lý môi trường (2009).

- 04 Huân chương Chiến công hạng Nhất; 04 Huân chương Chiến công hạng Nhì; 9 Huân chương Chiến công hạng Ba. 02 Huân chương Quân công hạng Ba. 01 Huân chương Lao động hạng Ba cho các đơn vị trực thuộc.

- 04 Huân chương BVTQ hạng Nhất, 3 Huân chương BVTQ hạng Nhì, 5 Huân chương Bảo vệ Tổ quốc hạng Ba cho các đơn vị trực thuộc.

- 20 lượt đơn vị được Chính phủ tặng Cờ thi đua (Từ năm 2000-2015).

- 33 lượt đơn vị được tặng Cờ thi đua của BQP (Từ 1997- 2015).

- Hàng ngàn lượt cá nhân được tặng thưởng các danh hiệu cao quý của Đảng, Nhà nước và Quân đội.